ഷാജി പ്രഭാകരനെ എഐഎഫ്എഫ് സെക്രട്ടറി ജനറൽ സ്ഥാനത്തുനിന്നും ഓൾ ഇന്ത്യ ഫുട്ബോൾ ഫെഡറേഷൻ (എഐഎഫ്എഫ്) ബുധനാഴ്ച നീക്കി. അന്തിമ അനുമതി നൽകാൻ എഐഎഫ്എഫ് എക്സിക്യൂട്ടീവ് കമ്മിറ്റി തീരുമാനിച്ചതോടെ പ്രസിഡന്റ് കല്യാൺ ചൗബെയാണ് തീരുമാനമെടുത്തത്. ഷാജിയുടെ കരാർ അടിയന്തരമായി അവസാനിപ്പിച്ചതായി എഐഎഫ്എഫ് പ്രസ്താവനയിൽ അറിയിച്ചു. 2023 നവംബർ 7 മുതൽ ഡോ. ഷാജി പ്രഭാകരന്റെ സേവനം അവസാനിപ്പിച്ചതായി ഓൾ ഇന്ത്യ ഫുട്ബോൾ ഫെഡറേഷൻ ഇതിനാൽ അറിയിച്ചു എഐഎഫ്എഫ് ഡെപ്യൂട്ടി സെക്രട്ടറി എം സത്യനാരായണൻ എഐഎഫ്എഫിന്റെ ആക്ടിംഗ് സെക്രട്ടറി ജനറലായി ഉടൻ പുതിയ ചുമതല ഏറ്റെടുക്കും എന്ന് റിപ്പോർട്ടുകൾ പറയുന്നു. പ്രഭാകരന്റെ പ്രവർത്തനത്തെക്കുറിച്ച് എഐഎഫ്എഫ് എക്സിക്യൂട്ടീവ് കമ്മിറ്റിക്കുള്ളിൽ അസ്വസ്ഥതയുണ്ടായിരുന്നു